Hallo Achim,
an dem, dass die App nicht aktiv ist, kann es nicht liegen, da die App immer, wenn sie nicht im Vordergrund ist, von Android beendet werden kann.
Aber, und nun kommt es, die App wird per sogenanntem Broadcast vom Android Google Services immer dann geweckt, wenn ein Ereignis (betreten/verlassen der Zone) eintritt und verrichtet dann die Arbeit.
Kann es sein, dass die Google-Play-Services sich irgendwie, sei es auch durch ein Programm, beenden und diese dann die App nicht benachrichtigen können? Schau mal mit deinem Taskmanager, ob die Google-Play-Dienste aktiv sind.
Hast du eine App installiert, die aufräumt?
Bekommst du Benachrichtigungen? Sind diese in den Einstellungen aktiviert? Wenn du eine Zone in der du dich befindest "änderst" kommt die Benachrichtigung?
Wenn nicht schalte mal Debug auf "Debug" eine Weile und dann schicke mir die Log. Auch kannst Du mir die Konfiguration zuschicken. Im Menü Konfigurationsabbild erstellen.